In verschillende EMD-pakketten bestond tot voor kort de mogelijkheid om ook het identiteitskaartnummer van patiënten lokaal te bewaren. Dit is echter in strijd is met de privacywetgeving, omdat huisartsen dan een therapeutische relatie kunnen aanmaken of verlengen zonder toestemming van de patiënt. Om zich in regel te stellen met dit verbod werden de nodige aanpassingen gemaakt in de software en is het niet langer mogelijk om het kaartnummer van de eID, Kids-ID of isi+ kaart lokaal op te slaan.
